Né à Middletown dans le Rhode Island, il est le fils de Charles Francis Flynn, un banquier et de Helen Frances Andrew qui travaille dans l'immobilier.
En 1981, il a eu un baccalauréat en sciences orienté vers la gestion scientifique à l’université de Rhode Island et est diplômé avec distinction militaire du Reserve Officers Training Corps.
Il obtient un MBA en télécommunications à la Golden Gate University, une maîtrise en arts et sciences militaires au Command and General Staff College et également une maîtrise ès lettres délivrée par le département des études de sécurité nationale et de stratégie du Naval War College.
Seulement quelques semaines après sa nomination par Donald Trump comme son conseiller à la sécurité, Michael Flynn a quitté son poste mardi, au lendemain de la publication dans le Washington Post d'un article mentionnant la conversation téléphonique tenue en décembre entre le conseiller à la sécurité nationale et Sergueï Kisliak, ambassadeur de la Fédération de Russie à Washington.
C'est le général Keith Kellog, secrétaire général du Conseil de sécurité nationale, qui assurera l'intérim, le temps que le président américain lui trouve un successeur.
